O isocianato de metila era uma molécula muito interessante na indústria química mundial por substituir os CFC´s, conhecidos por serem responsáveis pela destruição da camada de ozônio. Sua alta toxicidade no entanto era desconhecida ou pouco conhecida, o que também determinou grande impacto pela falta de tratamento a essa espécie.

Do ponto de vista toxicológico, o isocianato de metila pode agir por via inalatória ou pelo trato gastro-intestinal. Na primeira hipótese, o gás entra pelo pulmão e cai diretamente na corrente sangüínea, proporcionando toxicidade mais elevada do que na segunda hipótese, na qual a substância precisa ser primeiramente dissolvida na saliva para depois ser ingerida e caminhar até ser absorvida pelo duodeno e entrar na circulação sangüínea. Na verdade, essa substância não é o agente tóxico; há uma reação entre a s-glutationa e o isocianato de metila, que gera um produto chamado n-benziloxicarbonil-dimetilester. Este sim é agente tóxico, já que desnatura as estruturas secundárias e terciárias das enzimas ao reagir com os radicais sulfidrilas em aminoácidos do tipo cisteína. As enzimas perdem sua função biológica e levam o indivíduo à morte em poucas horas.

Fisiologicamente, há obstrução dos bronquíolos levando a sufocamento, náuseas, vômito, dor abdominal, hemorragia, aborto, fraqueza, tremores, perda de audição, vertigem e coma. É uma substância altamente tóxica, figurando entre as 20 mais tóxicas que se tem conhecimento.

Acreditava-se que ao se liberar o gás, o mesmo em contato com a água se decomporia em dois produtos inertes e estáveis. Porém, não foi o que aconteceu e coloca-se a culpa nos dois operários que manuseavam a válvula de segurança no momento do acidente. É como aquela frase que foi usada recentemente no acidente do vôo JJ3054 da TAM: "morto não se defende".